1690年以来，苏格兰长老会掌握着苏格兰大部分的宗教及世俗权力
1690年以来，苏格兰长老会掌握着苏格兰大部分的宗教及世俗权力
1689-1690年，苏格兰长老会在威廉三世统治时期通过宗教革命获得主导地位，不仅成为苏格兰国教，还掌握了苏格兰议会的控制权，从而掌握了苏格兰大部分的宗教及世俗权力。
光荣革命给苏格兰长老会提供了一个绝佳的机会，英格兰议会再一次推翻王权，使得苏格兰权力出现真空，长老会抓住这次机会顺利完成了变革。
威廉三世在英格兰议会的帮助下登上英格兰王位。之后，他谨慎地统治着英格兰，并把许多属于王室的权力转交给议会，因此他得到了英格兰议会衷心的支持。但对于他能否继承苏格兰王位而言，当时的苏格兰内部还存在着争议。
苏格兰与英格兰关系发展的新阶段
威廉三世清醒地认识到如果苏格兰选择脱离王位联合，那么他在英格兰的统治地位会受到动摇。苏格兰的大部分长老会信徒支持威廉三世继位，并且认为这是他们巩固革命成果的必要保障。
但是也有部分长老会信徒反对威廉三世继位，他们认为长老会的目标是建立共和式的长老会政府体制，而这个体制是不需要国王的。此外，詹姆斯党人在苏格兰的力量同样不可小觑，詹姆斯党人对威廉三世具有很大的敌意。
对于苏格兰而言，他们对威廉三世知之甚少，同样威廉三世对苏格兰也不甚了解，但是盟约派所表现出来的宗教狂热很快就使威廉三世感到非常震惊。1689年，在爱丁堡郡的西南部涌入大量的长老会信徒。
他们一路上砸毁教堂、驱逐主教，他们还得到了苏格兰低地全境的支持，仿佛这是他们被国王压迫多年以后应有的发泄。威廉三世对盟约派的表现极为不满，他下令保护苏格兰主教的安全，并令盟约派放下武器，等待即将召开的议会做出安排。
威廉三世的指令没有发挥应有的效应，在苏格兰的宗教暴动愈演愈烈。威廉三世、英格兰国教徒以及托利党人都想要营救苏格兰的主教们，并于1688年11月在伦敦召开会议以商讨对策。
但苏格兰的主教们一边寄希望于威廉三世拯救他们岌岌可危的生命，一边又拒绝承认威廉三世和玛丽为统治者，而对被流放的詹姆斯二世保持了忠诚。大部分苏格兰主教制的支持者也持这种观点，这些亲詹姆斯性的行为严重地影响到了革命的进程。
他们坚持自己的原则而不选择相对妥协的做法最终导致了他们的毁灭。
对于这位来自荷兰的英格兰国王威廉三世，苏格兰长老会有一项条件足以让威廉三世向他们妥协，那就是如若威廉三世想要让苏格兰长老会承认其为共主国王，那么威廉三世就必须接受、尊重和保护苏格兰长老会。
苏格兰长老会清醒认识到共主国王只是一个头衔，重要的是通过苏格兰议会实现苏格兰的独立。因此，它一方面慷慨地承认威廉三世的王位，另一方面则默默地将许多被英格兰占用的权力恢复过来。当威廉三世反应过来的时候，苏格兰独立的浪潮已经不可遏制。
威廉三世和以往的斯图亚特国王不同，他对于在苏格兰建立主教制毫无兴趣。在苏格兰高低人发动起义前，他甚至都不太关心苏格兰的局势。威廉三世的目标是英格兰，他希望借助英格兰的力量帮助他的母国荷兰对抗法国。
与此同时，威廉三世的老对手法王路易十四宣布要尽其所能去帮助詹姆斯二世复辟。英法间的对抗成为了这段时期的主旋律。因此，苏格兰长老会废除主教制并没有遇到来自王室的阻力。
虽然英格兰国教徒对苏格兰长老会的行径非常不满，但是在当时的政治环境下他们自顾不暇，自然也没有多余的精力来处理与苏格兰长老会有关的事务。苏格兰长老会正是在这样的背景下，扭转了自身的命运，并且在和英格兰主教制的对抗中处于上风。
实际上，1689年以来，主教们想要维持他们在苏格兰的统治已经越来越难，甚至在苏格兰北部，长老会都已经恢复了它的统治并且建立了完善的教会机构。
1689年，几乎所有的苏格兰主教都被长老会驱逐出境，长老会完成了宗教革命。因此，这次起义被称为1689年苏格兰革命。面对1689年的苏格兰革命，苏格兰贵族对此表现得无能为力，他们无法阻止变革的潮流。
1689年苏格兰革命造成的直接影响是苏格兰长老会再次成为苏格兰国教，同时，苏格兰议会成为国家的权力中心。
对于此事，威廉三世不得不承认苏格兰长老会对议会的影响非常大，可以说议会的许多政策都体现了苏格兰长老会的意志，而英格兰对苏格兰的影响则越来越小。1689年，由苏格兰长老会控制的苏格兰议会召开，本次议会急需处理的是王位继承问题和宗教问题。
议会宣布威廉三世为苏格兰国王，并规定苏格兰王位只能由新教徒继承。议会通过《权利法案》将立法、税权收为己有。随后，苏格兰议会相继通过了《废除主教法案》、《建立长老会政府及转移任免权法》。
议会以立法的形式正式确定苏格兰为长老会政体，也确立了苏格兰长老会在宗教上的统治地位。当年7月22日，受《权利宣言》影响的苏格兰废除了主教制教会政府。至此，苏格兰从1560年开始的宗教改革终于告一段落。
1690年后，威廉三世重新看待苏格兰的宗教问题。在与苏格兰政治精英讨论之后，威廉三世主张改变选举过程，取消了以前要求选民和候选人参加考试的要求，有效地扩大了选举权，从而提升了苏格兰长老会成功参选的概率。
苏格兰长老会的合法地位实际上得到了统治者的承认，这在某种程度上有利于两国关系的良性发展。
1690年以来，苏格兰长老会掌握着苏格兰绝大部分的宗教及世俗权力。议会认为1669年的《至尊法案》与将要建立的长老会政府的宗旨不一致，并于1690年4月25日将该法案废除。
《至尊法案》是斯图亚特国家主义赖以建立的基石，该法案赋予国王至高无上的权力，而教会则成为国家的臂膀、国王的仆人。
在同一天，议会又通过一项法案，恢复了自1661年1月1日以来因不遵守主教制而被驱逐出教会的长老会教徒的身份，并命令主教们应立即离开教区，让长老会信徒自由进入教堂，行使他们的职权。
1690年6月7日，议会批准了《信仰声明》（ConfessionofFaith），并按照1592年的法案建立长老会管理机构。
在此之前，议会所通过的一系列在苏格兰建立和维持主教制的法令，连同所有其他被认为违背、损害、不符合或贬损现已建立的法定宗教和长老会政府的法律和法令，都被废除或废止。
主教制
主教制是英格兰国教的基本体制，苏格兰长老会废除主教制的行径引发了英格兰国教徒的不满，许多托利党人建议威廉三世严惩苏格兰长老会。
威廉三世作为荷兰联省的领导人并不反对加尔文体制，但是当他继承英格兰王位之后，作为英格兰国教首脑的他本应该站在英格兰国教的角度思考问题，这就使得威廉三世陷入了两难的境地。
经过深思熟虑，威廉三世决定在对待两个王国的宗教矛盾时不偏不倚，他尽量用宗教宽容政策来处理两国的宗教问题。但最终的结果并没有达到威廉三世预期的目标，他的宗教政策不仅没能起到缓解两个王国宗教矛盾的作用，还使他丧失了部分的支持者。
威廉三世时期还出现了詹姆斯党人的复辟行为。由此可以看出，威廉三世在英格兰的地位并不稳固，他需要谨慎地处理英格兰的宗教问题，以免出现更多的反对力量。
当长期遭受迫害的盟约派变成苏格兰国家的掌权者的时候，他们首先想到的是如何疯狂地报复曾经的敌人。盟约派已经将国内的主教打败，现在他们将仇恨的目光转向英格兰国教，他们认为这群人曾经助纣为虐，帮助查理二世和詹姆斯二世迫害盟约派。
英格兰国教徒同样被仇恨情绪所控制着，在1688年之前，英格兰国教希望能够与长老会联合，两者的联合有利于他们共同抵抗暴君的统治，但是随着苏格兰长老会信徒虐待主教们，英格兰国教会牧师也急于报复英格兰长老会信徒。
因此，两者间的矛盾不断地扩大。在威廉三世看来，解决两个王国宗教矛盾最有效的办法就是让主教制与长老会相结合。在1691年2月，威廉三世提议主教制与长老会相结合，计划很快被苏格兰方面否决了。
在1692的宗教会议上，威廉三世又一次提出关于两个教派合并的计划，仍旧遭至失败。