NGS报告中的几个关键质控指标

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NGS报告中的几个关键质控指标

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https://www.biocsi.com/news/7906

NGS（下一代测序）技术在肿瘤精准医学诊断中发挥着重要作用，而一份准确的检测报告不仅需要关注检测结果，还需要重视报告中的质控指标。这些指标可以评估样本质量、实验过程的可靠性，从而确保检测结果的准确性。本文将介绍NGS报告中的几个关键质控指标，帮助读者更好地理解其重要性。

肿瘤细胞占比

在基因检测的过程中，组织样本送到实验室第一步就是要对肿瘤细胞比例进行评估。《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》指出：适合于NGS检测的组织标本中肿瘤细胞比例含量应达到20%以上。目前，对于大多数公司而言，肿瘤细胞比例的阈值线一般为10%。肿瘤细胞比例是决定整个实验最关键的一个质控指标，影响着后续提取、建库、上机等的工作安排。

肿瘤细胞比例不合格会增加检测结果的假阴性风险。其解决方案包括补送样本、转用核酸需求量较少的panel、组织转血液等方案，以减少不必要的退单。

核酸总量

肿瘤细胞比例评估完，就到了核酸提取环节。核酸提取总量决定了原始分子模板总量，其投入量与核酸转化效率及检测灵敏度有关，因此核酸总量是NGS检测过程中第二个不可或缺的质控指标。

样本过小、血浆过少等都可能是核酸总量不合格的原因，核酸提取不合格可能导致后续建库失败或下机数据不合格，进而导致报告无法出具。在面临核酸提取不合格时可以使用补送样本、转核酸需求量较少的panel、组织转血液等方案减少不必要的退单。

配对样本SNP一致性

如果说肿瘤细胞比例和核酸总量是不可控的两个关键指标，那配对样本SNP一致性则是人为可控的关键质控指标。

在大panel或全外显子检测过程中，由于其panel较大无临床意义胚系突变过多导致生信分析及报告出具难度增大（部分胚系突变因为没有对照样本只能报体系突变）；公司一般会引入对照血液进行检测，即同时对组织样本及血液白细胞样本进行建库、上机、生信分析等，通过白细胞对照样本的结果，过滤掉无临床意义的胚系突变，进而减少生信分析和报告出具的难度。

因此组织样本和白细胞SNP是否一致决定了本次送检的组织、血液样本是否来源同一个人，当配对样本SNP不一致时，则意味着本次送检测组织和血液样本不是来源于同一个人，也就是说，本次送检的组织或者血液搞错了，是基因检测过程中最大的失控之一。搞错的原因可能有几个：

取样时取错了，本该取A的样本却取了B的样本，
工作人员把样本弄混了，本该A样本的标签却贴了B样本的标签
实验室实验过程中出错了，A样本提取或建库过程中与B样本搞混了

因此，相较于肿瘤细胞比例不合格和核酸提取不合格而言，配对样本SNP不一致需要花费较大的人力和工夫去排查。首先要实验室内部排查，排查各个实验步骤是否有把样本弄混的情况，包括样本接受、核酸提取、建库转管等等步骤。实验确认没有问题时再进行销售核查，确认当天是否送检多个样本，样本是否有贴错的可能性等等。如公司内部查询无误，则需要与临床确认是否能够重新切样本抽血进行送检。

在成对样本检测中，建议销售同事取到样本后第一时间贴上标签并拍照留存；此外，建议实验室相关实验区域安装相应的高清摄像头，进而保证出现问题时能够追根溯源。