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哈佛医学院AI模型获诺奖认可,罕见病药物发现迎来曙光

创作时间:
作者:
@小白创作中心

哈佛医学院AI模型获诺奖认可,罕见病药物发现迎来曙光

引用
nvidia
7
来源
1.
https://developer.nvidia.com/blog/ai-uses-zero-shot-learning-to-find-existing-drugs-for-treating-rare-diseases/
2.
https://www.nature.com/articles/s41591-024-03233-x
3.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38383975/
4.
https://www.unity-consulting.cn/cn/project-stories/detail/airis/
5.
https://kempnerinstitute.harvard.edu/news/txgnn-ai-dr-house-for-disease-treatment/
6.
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11345155/
7.
https://www.gao.gov/products/gao-25-106774

近日,哈佛医学院的研究团队开发出一种名为TxGNN的AI模型,该模型在罕见病药物发现领域取得了重大突破。这一创新模型不仅成功预测了17000多种疾病的候选药物,其中许多疾病此前并无有效治疗方法,而且在药物指征预测的准确率上提高了19%,在副作用预测上提高了23.9%。这一科研成果为罕见病患者带来了新的希望,也为未来的药物研发开辟了新的道路。

01

TxGNN:开创罕见病药物发现新纪元

TxGNN是首个专门用于罕见病药物发现的AI模型,其核心优势在于零样本学习能力。与传统药物再利用方法不同,TxGNN并不依赖于已知的药物-疾病关系,而是通过图神经网络(GNN)来分析和识别大规模医疗数据集中的复杂关系。该模型的训练数据涵盖了17080种疾病、7957种药物和27671种蛋白质等医学概念,为预测提供了坚实的基础。

在技术实现方面,研究团队利用Kempner研究所的AI集群,包括NVIDIA V100和H100 Tensor Core GPU,对模型进行训练和微调。这些高性能GPU在处理大规模医疗知识图谱时发挥了关键作用,使得TxGNN能够高效地分析复杂生物数据并生成透明的解释,供专家审查。

02

罕见病药物研发:一场与时间的赛跑

罕见病,顾名思义,是那些患病率极低的疾病。据统计,全球有超过3亿人受到7000多种罕见病的影响,而其中只有约7%的疾病有FDA批准的治疗方案。罕见病药物研发面临着诸多挑战:

  1. 资金短缺:由于患者群体小,市场回报有限,制药公司往往缺乏研发动力。
  2. 科学资源有限:许多罕见病的病理机制尚不完全清楚,缺乏有效的动物模型和生物标志物。
  3. 临床试验困难:患者招募困难,试验设计复杂,数据解读更具挑战性。

这些因素导致罕见病药物研发周期长、成本高、成功率低。然而,TxGNN的出现为这一困境带来了新的希望。

03

从理论到实践:TxGNN的应用案例

研究团队对TxGNN在罕见病药物发现中的实际应用进行了验证,并取得了令人鼓舞的成果。在对1272085名患者的电子病历数据分析中,研究人员发现,TxGNN预测的顶级药物在这些患者群体中的使用频率显著高于随机预测。log(OR)(共现比值)的分析显示,TxGNN预测出的药物与罕见病的使用关联性比底层药物预测高出107%,进一步证明了该模型在实际临床环境中的有效性。

一个具体的案例是,TxGNN在预测Wilson病(一种导致铜代谢异常的罕见病)的潜在治疗药物时,推荐了去铁酮(Deferasirox)作为最有前途的候选药物。该药物在临床中已被用于治疗铁超载疾病,TxGNN通过其解释模块展示了去铁酮可能通过代谢途径对Wilson病的治疗产生积极作用。这一预测也与医学文献中的相关研究结果相符,显示了该模型的科学合理性。

04

AI引领医疗未来:从罕见病到健康管理

TxGNN的成功不仅体现在其卓越的预测能力上,更重要的是它为AI在医疗领域的应用开辟了新的道路。正如哈佛医学院生物医学信息学助理教授Marinka Zitnik所说:“我们希望这个工具能够在整个疾病谱中识别新的治疗方法,特别是对于那些罕见、超罕见和被忽视的疾病,我们预见到这个模型能够帮助缩小或至少缩小造成严重健康不平等的差距。”

除了在罕见病领域的突破,AI在医疗保健领域的其他应用也展现出巨大潜力。例如,AIRIS是一个针对体育和医疗保健市场的创新AI产品,通过模仿人类眼睛的新型算法,实现实时三维空间中的人体识别,广泛应用于认知训练、游戏化和预防等领域。UNITY创新联盟从公司成立之初就支持AIRIS的开发,提供了业务模式开发、客户体验、IT架构和企业架构等方面的专家支持。经过两年的发展,AIRIS已经开发出超过130种练习和应用,成为技术和商业上的双重成功。

随着AI技术的不断发展和完善,我们有理由相信,它将在改善罕见病检测、药物再利用以及临床流程优化方面发挥越来越重要的作用,为患者带来更多希望和可能。

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