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Sanger测序技术平台详解

创作时间:
作者:
@小白创作中心

Sanger测序技术平台详解

引用
1
来源
1.
http://www.primbio.cn/m/jishupingtai-artic.jsp?id=9216b52ca70a445892da132ff9db6fda

Sanger测序技术是20世纪70年代中期由Fred Sanger及其同事发明的一代测序技术,以其高准确性和广泛的应用范围而著称。本文将详细介绍Sanger测序技术的基本原理、主要优点以及具体的技术服务和检测项目。

一.平台简介

一代测序技术是20世纪70年代中期由Fred Sanger及其同事首先发明。其基本原理是测序引物与单链DNA模板分子结合后,DNA聚合酶用dNTP延伸引物。每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之扩增,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)使之终止。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3’-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止,终止点由反应中相应的双脱氧而定。使反应得到一组长几个至千个以上,相差一个碱基一系列片断。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。常用的测序仪有3130、3730、3500等。

二.平台优点

  1. 操作简单,结果直观可见,是测序的金标准。
  2. 测序片段长,单个测序价格便宜。
  3. 速度快,大部分检测一周之内可以完成。

三.平台技术服务

  1. Sanger测序:适用大多数单基因病和已知突变位点验证。
  2. PCR-STR分析:用于动态突变类疾病的检测,如脊髓小脑共济失调,亨廷顿舞蹈症,脆性X综合征,强制性肌营养不良,肯尼迪病,微卫星不稳定性等。
  3. 多重连接探针扩增技术(MLPA):用于基因大片段缺失/重复检测,如DMD,SMA等。
  4. SNP分型:基于SNaPshot技术检测基因多态性,可以于一孔反应内检测30个以内的SNP位点多态性,位点可自由组合。是一种价廉,检测快速、灵活的中通量SNP检测方法。

四.主要检测项目

检测项目
应用
脊肌萎缩症(SMA)
大片段缺失/重复检测(基于MLPA技术)
天使人综合征
肝豆状核变性
肾上腺增生症
神经纤维瘤
苯丙酮尿症
结节硬化症检测
假肥大型肌营养不良(DMD)
微卫星不稳定(MSI)
动态突变检测(基于PCR-STR技术)
脊髓小脑性共济失调(SCAs)
脆X染色体综合征(FX)
亨廷顿舞蹈症(HD)
齿状核红核苍白球路易体萎缩症(DRPLA)
弗里德里希综合征(FRDA)
肯尼迪综合征(SBMA)
强直性肌营养不良(DM)检测
1P19Q LOH
CYP2D6*10基因多态性
他莫昔芬
CYP19A1基因多态性
来曲唑/阿拉曲唑
ERCC1基因多态性
铂类(卡铂/顺铂/奥沙利铂)
ERCC2基因多态性
GSTP1基因多态性
GSTM1(+/-)基因多态性
XRCC1基因多态性
Cyp2c8*3基因多态性
紫杉醇/长春碱类
MDR1基因多态性
TYMS基因多态性
氟尿嘧啶/卡培他滨
DPYD*2A基因多态性
DPYD*5A基因多态性
DPYD*9A基因多态性
MTHFR基因多态性
RRM1基因多态性
吉西他滨
CDA基因多态性
MTHFR基因多态性
甲氨蝶呤
DHFR基因多态性
TYMS基因多态性
培美曲塞
UGT1A1*6基因多态性
伊立替康/托泊替康
UGT1A1*28基因多态性
CYP3A4*4基因多态性
依托泊苷/替尼泊苷
CYP2C9*3基因多态性
环磷酰胺
CYP2C19*2基因多态性
NQO1基因多态性
丝裂霉素
GSTP1基因多态性
蒽环类 多柔比星/表柔比星
GSTM1(+/-)基因多态性
GSTT(+/-)基因多态性
MDR1基因多态性
SNP分型检测
基于SNaPshot技术
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