网络药理学：零基础复现生信文章之GO和KEGG富集分析
网络药理学：零基础复现生信文章之GO和KEGG富集分析
本文将介绍如何使用DAVID和metascape数据库进行GO和KEGG富集分析。对于零基础的读者，建议先观看文中推荐的视频教程，了解GO和KEGG富集分析的基本概念和具体操作步骤。
前言
在生物信息学研究中，GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析是常用的数据分析方法。本文将介绍如何使用DAVID和metascape数据库进行GO和KEGG富集分析。
数据库网址
- DAVID数据库：https://david.ncifcrf.gov/
- metascape数据库：https://metascape.org/gp/index.html
本文复现论文步骤
- 对交集靶点做GO和KEGG的标注和富集分析，对应步骤【一】和【二】
一、DAVID数据库下载GO和KEGG所需数据集
详细步骤请参考以下文章：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/657096321
该文章介绍了如何下载KEGG数据集，下载GO数据集的方法类似。下载下来分别是GO的三个数据集文件。
二、GO和KEGG富集分析
推荐视频（必看！）
在进行该文章复现之前，希望大家能对GO和KEGG富集分析有一个大概的了解，推荐把以下前置知识看完，总共也才用时十几分钟。
什么是富集分析？
B站视频：https://www.bilibili.com/video/BV16GpmeSEkD/
该视频主要讲解了什么是富集分析，为什么需要富集分析，以及什么是GO和KEGG富集分析。
up主补充在评论区的知识点：P值大小可以简单的理解为可信度的高低，p值越小可信度越高。在本次的例子中，P值越小，我们就越有把握说某个基因是差异基因；p值越大，结果不具有可信度，就没把握说某个基因是差异基因。
因此在统计学上通常以p=0.05为标准，小于0.05结果可信度高，大于0.05的数据一般用不了。
如何解读GO富集分析结果图？
B站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1zF41197XB/
该视频讲解了常见GO富集分析的结果图有哪些，怎么看结果图（譬如横纵坐标有什么意义），还讲了如何快速从Log P转为P值，以及如何利用微生信在线做图。
但是up主讲错了一点，就是metascape可以勾选多条条件，譬如把Go的CC、BP、MF都勾选上，然后去富集分析。
做出来的图长这样：
GO数据集的各个数值代表的意义
B站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1HU4y1m7Vu/
该视频详细讲解了GO数据集的各个数值代表的意义。
如何从metascape下载KEGG的数据集
B站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Fg411n7hx/
该视频讲解了如何从metascape下载KEGG的数据集。
其他补充：Fold Enrichment≈富集因子≈Rich Factor。而FDR是另一种指标，一般KEGG气泡图的横坐标是前者。
如何挑选核心通路和靶点
B站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1zG411A7kG/
该视频教你KEGG富集分析后如何挑选核心通路，进而挑选核心靶点。
R代码
待更