IC50和EC50:定义、计算及应用
IC50和EC50:定义、计算及应用
IC50和EC50是药理学中的重要概念,分别代表抑制剂和激动剂产生半最大效应时的浓度。本文将详细解释IC50的两种定义方式:相对IC50和绝对IC50,并通过图表和实例说明如何在不同情况下拟合数据以确定IC50值。
IC50和EC50的概念是药理学的基础。EC50是药物产生半最大反应时的浓度。IC50是抑制剂反应(或结合)减少一半时的浓度。
看起来很简单。但是,当您实际去拟合数据以确定这些值时,会存在一些复杂性和歧义。
本文的其余部分是关于IC50(I代表抑制,代表向下倾斜的剂量反应曲线)。所有这些想法都可以应用于刺激曲线和EC50(E代表有效)。当你看这些图时,只需倒立即可。
理想的情况
此图显示了一种理想情况:
绿色符号表示使用对照进行的测量。左侧的符号(空白)没有抑制剂,因此定义为“100%”。右侧的符号存在最大浓度的标准抑制剂,因此定义为“0%”。实验剂量反应曲线的数据(红点)一直延伸到两个对照值之间。
拟合此曲线时,您需要决定如何拟合曲线的顶部平台。您有三种选择:
- 仅拟合数据,忽略空白对照值。
- 对空白对照值取平均值,并将参数Top设置为等于空白平均值的常数值。
- 输入空白值,就好像它们是剂量反应曲线的一部分一样。只需输入一个低剂量,可能是10-10或10-11。您不能输入零,因为零在对数刻度上没有定义。
这些方法中的任何一种的结果都将非常相似,因为数据形成完整的剂量-反应曲线,具有清晰的顶部平台,与空白无法区分。我更喜欢第三种方法,因为它分析了所有数据,但这并不是一个强烈的偏好。
同样,有三种方法可以处理底部平台:仅拟合数据,将Bottom设置为等于NS对照平均值的常数,并将NS对照放入拟合中,就好像它们是非常高浓度的抑制剂一样。
这是理想的情况。IC50的含义没有歧义。
IC50可以用两种方式定义的情况
该图显示了一种不寻常的情况,即抑制曲线稳定在远高于高浓度标准药物定义的对照值(NS)之上。这导致了IC50的替代定义。
显然,单个值无法概括这样的曲线。您至少需要两个值,一个用于量化曲线的中间值(药物的效力),另一个用于量化曲线的低度(药物的最大效果)。
上图显示了IC50的两个定义。
相对IC50是迄今为止最常见的定义,通常省略形容词相对。它是使曲线下降到曲线顶部和底部平台之间的中间点所需的浓度。在IC50的这个定义中,NS值完全被忽略了。该定义是激动剂和拮抗剂相互作用的经典药理学分析的基础。在适当考虑生物系统和相互作用配体的浓度的情况下,估计的Kd值通常可以从以这种方式定义的IC50值得出(对于下面提到的“所谓的绝对IC50”,情况并非如此)。
在空白值和NS值之间引发响应的浓度有时称为绝对IC50,水平虚线表示如何定义100%和0%,然后定义50%。这个术语并不完全标准。由于该值不能量化药物的效力,因此国际药理学联合会受体命名委员会(1)的作者认为绝对IC50(和该术语)的概念没有用(R. Neubig,个人通信)。我同意。
该概念(但不是术语“绝对IC50”)用于量化减缓细胞生长的药物。缩写GI50用于我们这里所说的绝对IC50。环境保护署(EPA)也使用它来评估内分泌干扰物(附录A)。他们使用术语IC50来指代绝对IC50,使用术语EC50来指代相对IC50。他们不使用术语relative和absolute。
如果您真的想使用绝对IC50,以下是拟合曲线以找到它的说明。
剂量-反应曲线不完整
任何通过对上图中的数据拟合曲线来确定IC50的尝试都是无用的。曲线拟合程序可能能够将剂量-反应曲线拟合到数据,也可能不能。但如果曲线拟合,则IC50的值可能毫无意义,并且具有非常宽的置信区间。数据根本不会形成顶部平台(定义100)或底部平台(定义0)。如果数据没有定义100或0,那么50也是未定义的,IC50也是如此。
如果您还具有定义100和0的控制值,则可以轻松拟合曲线。下面的曲线是通过拟合剂量反应曲线创建的,但将Top平台限制为等于Blanks值的平均值的常数值,以及Bottom平台等于NS值的平均值。
只有当您假设较高浓度的抑制剂最终会抑制至NS值时,以这种方式拟合的IC50值才有意义。这是一个无法用手头数据检验的假设。
相对IC50和绝对IC50之间的区别并不真正适用于这些数据。由于数据未定义底部平台,因此必须相对于NS对照值定义IC50。
拟合归一化数据
从上面的所有示例中可以看出,没有必要将数据标准化以从100%下降到0%。您可以使用自然单位的数据拟合曲线。一个常见的错误是假设拟合剂量-反应曲线需要首先对数据进行归一化。
如果您选择对数据进行归一化,则必须仔细考虑(并在论文的方法部分记录)如何定义100%和0%。您可以使用三种策略:
- 从外部控件(上图中的Blank和NS)。由于这些值非常重要,因此请考虑使用比用于实验其余部分更多的重复来测量这些对照。
- 来自极低和非常高浓度的供试物质。
- 来自非线性回归的高原。首先拟合曲线,然后使用Top和Bottom平台的最佳拟合值对数据进行归一化。
如果您拟合标准化数据,您可能希望Prism强制曲线从100下降到0。除非你告诉它,否则它不会知道这样做。不要犯一些常见的错误,即对数据进行归一化,但不将曲线从100限制到0。您可以通过两种方式约束曲线:
- 选择适应规范化模型。Prism中内置的归一化模型始终介于0和100之间。
- 使用更通用的模型,转到Constrain选项卡,并将Bottom设置为常量值0.0,将Top设置为常量值100.0。
总结
IC50(或EC50)的概念有点模棱两可,除非您明确指定哪些值定义100%和0%。
参考
- R. R. Neubig et al. 国际药理学联合会受体命名和药物分类委员会。XXXVIII. 定量药理学术语和符号的更新。Pharmacol Rev(2003),第55卷第4期,第597-606页