富集分析结果表和图表详解：从GO到KEGG的全面解析
富集分析结果表和图表详解：从GO到KEGG的全面解析
富集分析是生物信息学中常用的一种方法，用于识别在特定基因集合中显著富集的生物学过程、分子功能或细胞组分。通过富集分析，研究人员可以将基因表达数据与已知的生物学知识库（如GO和KEGG）进行关联，从而获得更深入的生物学解释。本文将详细介绍富集分析中常见的结果表和图表，帮助读者更好地理解和解读富集分析的结果。
一、两种结果表
1. GO富集分析结果表
GO（Gene Ontology）富集分析结果表通常包含以下列：
- ONTOLOGY：表示GO分类的种类，通常有三个主要的类别：
- BP：生物过程（Biological Process）
- CC：细胞组成（Cellular Component）
- MF：分子功能（Molecular Function）
ID：GO条目的编号，唯一标识某个GO术语（例如GO:0008150代表生物过程类别中的“生物学过程”）。
Description：GO条目的描述，通常会简要说明该GO条目所涉及的生物学概念或功能。
GeneRatio：基因比率，指的是在某一GO条目富集的基因数与输入基因总数的比值。
BgRatio：背景比率，指的是在所有背景基因（通常是参考基因集）中属于某一GO条目的基因数与所有背景基因总数的比值。
RichFactor：富集因子，表示基因比率与背景比率的比值（GeneRatio / BgRatio）。
FoldEnrichment：富集倍数，类似于富集因子，用来衡量目标基因集在某一GO条目中的富集程度。
zScore：Z得分，反映某GO条目富集的统计显著性。
pvalue：P值，表示某个GO条目富集的统计显著性。
p.adjust：经过多重检验校正后的P值。
qvalue：调整后的P值，主要用于控制假阳性率的影响。
geneID：富集在该GO条目中的基因列表。
Count：在该GO条目中富集的基因数量。
2. KEGG富集分析结果表
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析结果表通常包含以下列：
category：KEGG路径分类。
subcategory：KEGG路径的二级分类。
ID：KEGG通路的ID（编号）。
Description：KEGG通路的描述。
GeneRatio：基因比率。
BgRatio：背景比率。
RichFactor：富集因子。
FoldEnrichment：富集倍数。
zScore：Z得分。
pvalue：P值。
p.adjust：经过多重检验校正后的P值。
qvalue：调整后的P值。
geneID：富集在该KEGG通路中的基因列表。
Count：富集在该KEGG通路中的基因数量。
二、各种富集图的说明
1. KEGG条形图（Barplot）
- X轴：显示的是KEGG通路上的基因数目。
- Y轴：显示的是KEGG通路的名称。
- 条形的颜色：表示调整后的p值（p.adjust），颜色越深表示p值越小。
- 显示数量：showCategory = 15表示只显示排名前15的 KEGG 通路。
2. KEGG气泡图（Dotplot）
- X轴：基因比率。
- Y轴：表示每个通路的富集程度。
- 气泡的大小：表示该通路中的富集基因数量。
- 气泡的颜色：根据p.adjust值来表示，颜色越深表示该通路的富集越显著。
- 显示数量：showCategory = 15表示仅显示排名前15的通路。
3. KEGG小弦图（Cnetplot）
- 基因节点（Gene Nodes）：展示了参与KEGG通路富集的基因。
- 通路节点（Category Nodes）：展示了被富集的KEGG通路。
- 边缘：连接基因和KEGG通路，表示基因和通路之间的关系。
- 圆形布局：整个图呈现圆形布局，通路节点和基因节点通过边缘连接。
- 节点标签：可以选择显示通路名称或基因名称。
4. GO条形图（Barplot）和气泡图（Dotplot）
GO的气泡图和条形图分为三类：
- BP：生物过程（Biological Process）
- CC：细胞组成（Cellular Component）
- MF：分子功能（Molecular Function）
5. GO小弦图（Cnetplot）
解析与KEGG小弦图类似，但展示的是GO通路的富集情况。
6. 富集圈图（Enrichment Circle Plot）
GO的圈图
从外到内共4个track：
- 分类track：不同颜色表示不同分类（BP、MF等）。
- term里边的基因数：矩形长度表示该term中包含的基因数。
- 重叠基因数：矩形长度表示与输入基因的重叠基因数。
- 富集分数bar：表示重叠基因数占总基因数的比例。
KEGG的圈图
圆圈从外向内：
- 第1圈是通路编号和分类。
- 第2圈表示这个通路有多少个基因。
- 第3圈表示高表达基因的数目。
- 第4圈是富集因子。
7. Z-score气泡图（Z-score Bubble Plot）
- 气泡的大小：代表富集的基因数或GeneRatio。
- 气泡的颜色：表示z-score值，反映富集的显著性。
生物信息学领域非常广泛，本文主要介绍了富集分析的相关内容。希望这些信息能帮助读者更好地理解和应用富集分析方法。