QQ plot 的解读

QQ plot 的解读

引用

CSDN

1.

https://blog.csdn.net/hs6605015/article/details/128018132

QQ plot（分位数-分位数图）是一种通过比较两个概率分布的分位数来判断这两个概率分布是否一致的统计图表。它在生物信息学、统计学等领域有着广泛的应用，特别是在全基因组关联研究（GWAS）中，常与曼哈顿图一起使用来评估P值的分布情况。本文将详细介绍QQ plot的基本概念、原理及其在实际研究中的应用。

QQ plot全称是Quantile-Quantile Plot，分位数-分位数图是通过比较两个概率分布的分位数对这两个概率分布进行比较的概率图方法。
这个图形的形式非常简单，有点类似RNA-seq中评价两个样本相关性的散点图（图1）。这类图形为什么那么相似呢？因为它们本质上就是做两组数据的比较，判断它们是否基本一致。
以样本重复性散点图为例（图1b），如果某个基因的表达量在样本C1和C2两个生物学重复中相同或相近，那么这个基因在这个散点图中X和Y轴坐标应该是相同或相近的，即这个点应该位于这个图形的45°对角线上。如果大部分基因（红点）位于对角线上，说明这两组值基本一致，即两个样本的重复性良好。

• 图1 QQ plot 和样本重复散点图

QQ plot到底是做什么比较呢？

它比较的是P value观测值（Y轴）和p value期望值的一致性，在GWAS分析的文献中几乎总是和曼哈顿图同时出现。

1. P value的期望值分布
   在统计检验中，P value代表的是我们观测值偏离期望值的概率。例如，假设观测值符合标准正态分布（即期望值为0，方差为1）