R语言绘制散点小提琴图：从基础到进阶

R语言绘制散点小提琴图：从基础到进阶

引用

CSDN

1.

https://blog.csdn.net/kanghua_du/article/details/137408976

本文将介绍如何使用R语言绘制散点小提琴图。这种图表类型常用于展示数据的分布情况，特别是在生物信息学领域。本文将以一个来自Nature期刊的真实数据集为例，详细讲解绘制过程。

数据准备

首先，我们需要导入所需的R包和数据。

library(tidyverse)
library(readxl)
library(ggsci)
library(viridis)
library(RColorBrewer)

df_data <- read_excel("data_input.xlsx", sheet = "Sheet1")
head(df_data, 10)

绘图步骤

接下来，我们将逐步构建散点小提琴图。

1. 设置主题

theme_clean <- function(){
  theme_bw() %+replace%    
    theme(
      panel.grid = element_blank(),
      strip.background = element_blank()
    )
}

2. 绘制基础图形

p1 <- ggplot(df_data, aes(x = visit, y = shannon, color = visit, fill = visit)) +
  geom_violin()

3. 添加散点

p2 <- p1 +
  geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9) +
  scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = TRUE)

4. 设置颜色

p3 <- p2 +
  scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = TRUE, alpha = 0.5)

5. 进一步参数修改

final_plot <- p3 +
  scale_y_continuous(limits = c(0, 7)) +
  guides(color = "none") +
  theme_clean() +
  labs(
    x = "",
    y = "Shannon diversity"
  )

完整代码

以下是完整的绘图代码：

pdf("202405散点小提琴图.pdf", width = 6, height = 4)
ggplot(df_data, aes(x = visit, y = shannon, color = visit, fill = visit)) +
  geom_violin() +
  geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9) +
  scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = TRUE) +
  scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = TRUE, alpha = 0.5) +
  scale_y_continuous(limits = c(0, 7)) +
  guides(color = "none") +
  theme_clean() +
  labs(
    x = "",
    y = "Shannon diversity"
  )
dev.off()

扩展：绘制箱线图

如果你对箱线图更感兴趣，可以使用以下代码：

ggplot(df_data, aes(x = visit, y = shannon, color = visit, fill = visit)) +
  geom_boxplot()

总结

通过本文，你学会了如何使用R语言绘制散点小提琴图。这种图表类型在展示数据分布时非常有效，特别是在生物信息学领域。希望这篇文章对你有所帮助！