R包版本管理利器：renv使用初探
R包版本管理利器：renv使用初探
R包版本管理在数据分析和科学研究中至关重要，特别是在团队协作或项目依赖特定版本的包时。本文将介绍一个强大的R包版本管理工具——renv，通过一个实际案例，展示如何使用renv来解决包版本冲突问题。
写在开头
在整理scCustomize助力轻松优化FeaturePlot可视化推文时，遇到了Nebulosa包的版本兼容问题。Nebulosa包依赖的ggplot2版本是3.4.4以下的，而系统中安装的是3.5.1版本。为了解决这个问题，我尝试使用renv创建虚拟环境来管理不同版本的R包。
安装和初始化 renv
安装和加载renv
install.packages("renv")
library(renv)
初始化 renv 环境
在指定的R 项目的工作目录中初始化 renv，从而为该项目创建一个独立的虚拟环境，记录并锁定项目所需的包及其版本。
renv::init()
这将创建一个 renv 子目录，在该目录中保存包和虚拟环境，并在项目目录下创建 renv.lock 文件，用于记录当前项目中使用的包及其版本。同时，配置项目使用一个独立的库（包管理环境），避免使用系统全局的 R 包。
安装需要版本的R包
很有意思的安装代码，直接在后面@需要的版本，然后确实就可以安装需要版本的ggplot2
renv::install("ggplot2@3.4.4")
但是因为拷贝R包的时候，将3.5.1版本的ggplot2复制过来了，所以需要先卸载3.5.1的ggplot2，重新创建虚拟环境，然后安装3.4.4的ggplot2
（因为不太熟练不清楚是否可以不复制特定的包，所以就是先卸载掉然后创建好虚拟环境后直接安装3.4.4，后续在正常环境下直接安装ggplot2就是高版本的）
renv::install("ggplot2@3.4.4")
renv 会自动安装并锁定该版本，然后更新 renv.lock 文件以反映该版本的信息。
正常运行密度图
library(Nebulosa)
library(scCustomize)
library(ggplot2)
packageVersion("ggplot2")
Plot_Density_Joint_Only(seurat_object = pbmc,
features = c("CD3D", "CD3E","CD4"),
custom_palette = BlueAndRed())
在小环境中安装好3.4.4版本的ggplot2之后，就可以正常调用Nebulosa去绘制多基因密度图
关于renv
既然已经用到了renv的虚拟环境，那咱们还是需要对其有个基本的了解
已经介绍了安装renv、创建虚拟环境以及安装指定版本的R包，那接下来了解一下别的基本命令
激活项目的虚拟环境
当我们退出或者关闭当前的Rstudio工作目录，重新打开时，如果需要使用虚拟环境，就需要先激活一下
renv::activate()
恢复或同步包环境
如果在团队合作中或在不同设备上工作，并且需要确保你使用的 R 包与项目中锁定的版本一致，可以使用 renv::restore() 来恢复环境。
renv::restore()
这个我还没用过，因为没有换设备hhh，有需要的可以试试
切换包版本
- 通过
renv::remove()
卸载包，然后使用
renv::install()
安装所需版本。
- 查看和管理环境：使用
renv::status()
和
renv::installed()
来查看和管理当前环境中的包。
退出虚拟环境
renv::deactivate()
停用当前的虚拟环境，恢复到全局的 R 包库中。项目中的 renv 环境会被关闭，所有的包操作将会使用全局安装的包，而不再使用项目专用的虚拟环境。
有点类似与linux里面使用conda创建小环境的感觉了
通过运行
renv::deactivate()
，你可以退出当前的 renv 虚拟环境，回到全局 R 环境。如果以后需要重新启用该环境，只需使用
renv::activate()
不过就是每次进入或者退出，都会默认重新启动一下Rsession
重复运行renv::init()的选项
当我们创建并进入到虚拟环境中，但是你又重新运行一遍
renv::init()
，就会出现一些选项，让你确认是否需要重新创建一个虚拟环境
这些选项分别为：
- Restore the project from the lockfile：恢复锁定文件中的包版本。
- Discard the lockfile and re-initialize the project：丢弃现有的 renv.lock 文件，重新初始化项目并创建新的环境。
- Activate the project without snapshotting or installing any packages：激活当前环境，但不进行任何包安装或更新。
- Abort project initialization：取消当前初始化操作。
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