肿瘤融合基因检测双保险！DNA+RNA共检

肿瘤融合基因检测双保险！DNA+RNA共检

融合基因是指两个不同基因的部分或全部序列相连形成新的混合基因，其编码产生的融合蛋白能够介导肿瘤的发生发展。2023版《非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识》强烈推荐基于DNA-NGS适用于检测多个基因的多种已知或未知变异类型，并推荐采用RNA-NGS单独检测，进一步验证。近期中华医学会发布的2024版肺癌临床诊疗指南中提出可对标本进行一次性同步基于RNA与DNA的驱动基因变异检测。

融合基因概述

融合基因（Fusion gene）是指两个不同基因的部分或全部序列相连形成的嵌合基因，一般发生在基因组层面，由基因组序列结构变异导致，形成融合基因的基因组结构变异类型较多，包括易位（Translocation）、缺失（Deletion）、倒位（Inversion）等，融合基因编码产生的融合蛋白能够介导肿瘤的发生发展。根据融合断点位置的不同，有些基因融合会发生转录，有些不发生转录。

融合基因产生机制

临床中用于融合基因的检测方法包括 DNA-/RNA-based NGS、FISH、RT-PCR以及IHC等，以上检测方法主要从DNA/RNA/蛋白质水平对融合基因进行检测，不同方法各有优劣势。

不同检测方法的优劣势

与IHC、FISH、RT-PCR方法相比，NGS（DNA+RNA）检测基因融合变异，具有通量大、覆盖已知和未知融合等优势，受到专家共识推荐。有研究显示，对于经DNA-NGS检测为驱动基因阴性的NSCLC患者，补RNA-NGS检测，可以大概提高10%-14.2%的可用药融合靶点的检出。

指南/共识推荐NGS（DNA+RNA）检测融合基因

《非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识》（2023版）强烈推荐基于DNA-NGS适用于同时检测多个基因的多种已知或未知变异类型；同时推荐RNA-NGS同时检测，进一步验证。

NCCN非小细胞肺癌指南：对于未发现驱动基因的患者（尤其是非吸烟者）考虑采用RNA-based NGS 检测，以最大程度地发现融合基因变异。

RNA-NGS检测优势：DNA层面的基因融合，不一定能稳定转录蛋白。RNA-NGS检测不同融合类型的具有一定的优势，RNA层面检测融合基因中可转录蛋白的外显子，不涉及内含子区域，避免了DNA检测因断点位于内含子区域时，内含子序列长度太长、碱基重复性高，断点位置不集中等问题，减少因探针无法完全覆盖导致的融合基因变异漏检情况，RNA-based NGS使检测融合基因更能反映融合蛋白的产生，结果更加可靠，精准指导靶向用药。

最新指南推荐DNA+RNA同步检测

近期中华医学会发布的2024版肺癌临床诊疗指南中提出可对标本进行一次性同步基于RNA与DNA的驱动基因变异检测。指南提到的“DNA+RNA同步法”，即实现DNA和RNA在同一个反应体系里面进行建库、测序、数据分析，优势是在不显著增加检测成本和样本要求前提下实现DNA和RNA共检，不增加检测费用，大部分患者都可以负担，同时对于肿瘤组织获取有限的患者也非常关键。

临床应用案例

以菲沙医学实体瘤检测产品为例，该产品依据FDA/NMPA批准适应症和最新版NCCN/CSCO指南以及临床用药相关文献等研究筛选出最佳的生物标志物，通过二代测序检测等技术以及专业的生物信息学分析和报告解读分析，帮助医生为患者量身定制最优的靶向用药和免疫治疗用药方案。检测产品分不同大小panel（16、39、280、678基因）及全外显子检测，检测体细胞SNV、INDEL、CNV、FUSION变异类型，广泛覆盖多种实体瘤诊疗相关标志物，满足多癌种检测需求。菲沙基因近期也已推出新的NGS融合产品：DNA+RNA联合检测，采取DNA+RNA双测，优势互补，检测更精准。

参考文献

1. 非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识（2023版）
2. House C M A P, Oncology Society of Chinese Medical Association. Chinese Medical Association guideline for clinical diagnosis and treatment of lung cancer (2024 edition)[J]. Zhonghua zhong liu za zhi [Chinese journal of oncology], 46: 1-39.
3. Davies K D, Aisner D L. Wake up and smell the fusions: single-modality molecular testing misses drivers[J]. Clinical Cancer Research, 2019, 25(15): 4586-4588.
4. https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=18380441
5. Benayed R, Offin M, Mullaney K, et al. High yield of RNA Sequencing for targetable kinase fusions in lung adenocarcinomas with no mitogenic driver alteration detected by DNA sequencing and low tumor mutation burden. Clin Cancer Res, 2019, 25(15): 4712-4722.
6. National Comprehensive Cancer Network. The NCCN clinical practice guidlines in oncology for non-small cell lung cancer.