梯度PCR、降落PCR和巢式PCR有啥区别？

梯度PCR、降落PCR和巢式PCR有啥区别？

PCR（聚合酶链式反应）是一种广泛应用于分子生物学、遗传学和医学领域的技术，用于在体外扩增特定的DNA片段。在PCR过程中，退火温度的优化是提高扩增效率和特异性的重要环节。本文将介绍三种常见的PCR优化方法：梯度PCR、降落PCR和巢式PCR，并探讨它们之间的区别。

梯度PCR（Gradient PCR）

梯度PCR的主要目的是优化PCR过程中的退火阶段。在标准的PCR过程中，退火阶段是关键的一步，其中DNA聚合酶需要在较低的温度下识别并结合到目标DNA序列的互补链上。然而，不同DNA片段的熔解温度（Tm）可能不同，因此一个固定的退火温度可能不适合所有目标序列。

梯度PCR通过在同一PCR仪中设置不同的退火温度来解决这个问题。具体来说，将样品放置到同一PCR仪中的不同温度模块，每个模块设置不同的退火温度。通过比较这些反应的结果，可以优化出最适合特定DNA片段扩增的退火温度，使用此温度进行标准PCR扩增，提高扩增的效率和特异性。

降落PCR（Touchdown PCR）

降落PCR同样是在PCR的退火阶段进行优化，但与梯度PCR不同的是，降落PCR是在每个循环设定由高到低的退火温度，来保证PCR的特异性和高效率。初始循环退火温度较高，可减少非特异性产物的形成，保证PCR实验的特异性。后期的循环温度较低，扩增效率大大提升。由于前期已经积累了大量的特异性产物，其位点结合竞争力高于非特异性产物，因此后续循环可大量扩增特异性产物。

降落PCR既特异又高效，现多用在高通量扩增反应（如KASP）中，可兼容不同退火温度的反应体系。

巢式PCR（Nested PCR）

巢式PCR利用两组或多组不同的引物对同一模板DNA进行多次的PCR扩增。主要用于提高某些特定DNA片段的检测灵敏度和特异性。首先使用一对外引物（非特异性引物）扩增出包含目的片段的长片段，生成足够量的DNA模板。再使用更接近目的片段的内引物进行第二轮扩增。通过这种方式，第二轮PCR可以更精确地扩增目标DNA片段。另外由于两轮扩增，可以显著增加目标DNA的量，这对于检测低丰度或难以扩增的DNA片段非常有效，提高实验的灵敏度。

PCR仪的选择

在优化PCR条件的过程中，PCR仪的精确控温能力是保证实验结果的关键。基因集团的TC100梯度PCR仪兼容普通PCR、梯度PCR、降落PCR、巢式PCR等多种功能，精准六通道独立控温，一机满足多种实验需求。

产品特点

• 六个独立控温模块：采用6个独立Peltier，每个模块有独立加热和冷却能力，可精准设置 6个不同的温度梯度，相比传统的梯度模式更加准确，减少摸索PCR反应的退火时间。
• 多种实验应用：可用于普通PCR、梯度PCR、降落PCR、巢式PCR、长片段PCR、孵育等等。
• 大屏幕动画操控：采用7英寸彩色液晶触摸屏,大屏幕设计方便查看运行曲线;可预设运行程序,快速启动,也可编辑运行程序,保存备用;人性化设计,无需脱掉手套也可设置程序。
• 数据存储：主机可以储存2000个程序;可插TF卡实现无限储存;可将重要数据保存至TF卡中,并存至电脑。