我国学者开发出病毒分类新工具VITAP

我国学者开发出病毒分类新工具VITAP

引用

科学网

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https://news.sciencenet.cn/htmlnews/2025/3/540699.shtm

近日，中国海洋大学海洋生命学院汪岷团队开发出一款新型病毒分类工具VITAP（Viral Taxonomic Assignment Pipeline），该成果已在《自然·通讯》发表。这一创新工具不仅能够对DNA和RNA病毒进行精准分类，还大幅提升了病毒注释率，为病毒组学和病毒生态学研究提供了重要工具。

VITAP的技术原理和方法流程 中国海洋大学供图

病毒是地球上最小且丰度最高的非细胞生物，对人类健康和全球生物地球化学循环具有深远影响。随着宏基因组技术的发展，发现了大量新型DNA和RNA病毒。然而，现有病毒分类方法主要依赖完整病毒基因组数据，对片段化序列分类效果较差，且在RNA病毒和单链DNA病毒的分类上存在困难。

针对这些问题，汪岷团队开发的VITAP通过结合序列比对与图论算法，实现了以下突破：

• 能对DNA及RNA病毒进行精准分类
• 提供每个分类单元的置信度评估
• 支持长度短至1000个碱基对的病毒基因组序列分类
• 实现从门到属水平的高效分类
• 基于国际病毒分类委员会最新数据库自动更新
• 支持用户自定义分类数据库

在测试中，VITAP在科级和属级分类分析中保持了超过0.9的准确率、精度和召回率。对于1kb的短序列，新工具在所有病毒门中的注释率均优于其他方法；在近完整基因组分类中，对RNA病毒和大部分DNA病毒也表现出更高的注释率。

这一研究得到了中国海洋大学海洋高等研究院海洋大数据中心、大生命学科超算集群、海洋生物多样性与进化研究所高性能计算集群、崂山实验室科技创新项目、海洋负排放国际大科学计划（ONCE）、国家自然科学基金、中央高校基本科研专项资金的联合支持。

论文相关信息：
https://doi.org/10.1038/s41467-025-57500-7