TCGA数据库：癌症研究的利器与新突破

TCGA数据库：癌症研究的利器与新突破

引用

中国科学院

等

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来源

1.

http://www.big.cas.cn/xwdt/kyjz/202412/t20241227_7511381.html

2.

https://www.vai.org/article/new-resource-available-to-help-scientists-better-classify-cancer-subtypes/

3.

https://www.dana-farber.org/newsroom/news-releases/2024/dana-farber-researchers-discover-new-target-for-potential-leukemia-therapy

4.

http://www.jzbiotech.com.cn/news/list13/163.html

5.

https://www.cancer.gov/about-nci/organization/dcb/progress/cancer-biology-and-vorasidenib-development

6.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286742400583X

7.

http://gpb.big.ac.cn/

2025年1月，范安德尔研究所（Van Andel Institute）领导的多机构研究团队开发了一个新的公共资源，该资源基于癌症基因组图谱（TCGA）网络识别的分子特征，帮助科学家更好地对患者肿瘤样本进行分类。这一资源包括分类器模型，可以加速癌症亚型特异性测试工具包的设计，用于临床试验和癌症诊断。这是首个将TCGA庞大数据库与临床应用连接起来的资源，发表在《Cancer Cell》杂志上。

TCGA数据库自2006年启动以来，已经收录了33种癌症类型、超过30000例肿瘤样本的多维度数据，包括基因组、转录组、表观遗传学和蛋白质组学等。最近的研究进一步扩展了其应用范围，特别是在发现新的治疗靶点和推动精准医疗方面取得了重要进展。

新治疗靶点的发现

2024年5月，Dana-Farber癌症研究所的研究人员在《Nature》杂志上发表了一项重要研究，他们发现急性髓系白血病（AML）的一个新治疗靶点——PI3Kgamma分子复合体。研究团队使用全基因组CRISPR干扰技术，发现AML细胞依赖于PI3KR5基因生存，该基因编码PI3Kgamma复合体的关键部分。进一步研究证实，现有药物eganelisib（一种PI3Kgamma抑制剂）在动物模型中对AML有效，且在TCGA数据库中，高表达PI3KR5的AML患者对现有疗法的生存率较低。这一发现为AML治疗提供了新的希望。

癌症分子机制的深入理解

基于TCGA数据库的研究不断揭示各种癌症的分子机制。例如：

• 2024年8月，北京学者在《BMC Urology》上发表研究，基于TCGA数据验证了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中VHL、BAP1、PTEN等基因突变与临床预后的关系。
• 2023年10月，吉林大学学者在《Scientific Reports》上发表研究，发现LGALS2基因在乳腺癌免疫治疗和耐药性中的重要作用。
• 2023年4月，中南大学湘雅医院学者在《Frontiers in Oncology》上发表研究，揭示GRN基因与神经胶质瘤免疫浸润的相关性。

TCGA数据库的优势与局限

TCGA数据库的优势在于其数据的全面性和标准化，涵盖了多种癌症类型的多维度数据。然而，它也存在一些局限性：

1. 缺乏非肿瘤疾病数据
2. 正常组织样本数量较少
3. 数据局限于二代测序，缺乏单细胞测序数据

未来展望

随着技术的进步，TCGA数据库有望进一步扩展其数据类型，特别是纳入单细胞测序数据。同时，加强与临床应用的结合，将有助于更快地将研究成果转化为实际的治疗方案。尽管存在一些局限性，但TCGA数据库仍然是癌症研究领域最重要的资源之一，持续推动着癌症精准医疗的发展。