Cytoscape中的MCODE插件：功能、安装与使用详解

Cytoscape中的MCODE插件：功能、安装与使用详解

MCODE（Molecular Complex Detection）插件是Cytoscape软件中的一个常用插件，主要用于在复杂的生物网络中识别关键的子网络和基因。本文将详细介绍MCODE插件的功能、安装方法、操作步骤以及结果分析，帮助读者掌握这一重要工具。

一、MCODE插件简介

MCODE插件是在庞大的网络中根据边和节点的关系，寻找出关键的子网络和基因，方便进行下游分析。这种方法与Cytohubba插件类似，但Cytohubba提供了多种算法供用户选择，并会按基因的核心程度进行排序。两种方法都可以筛选出核心基因。

二、操作演示

1. 插件下载

下载安装MCODE插件的方法与其他插件相同，具体步骤如下：

1. 点击Apps -> App Manager
2. 在Search栏中输入mcode
3. 点击右下角的install按钮
4. 安装完成后，再次点击Apps，选择加载MCODE插件

本次演示将使用Cytoscape首页的Yeast Perturbation示例数据进行分析。

2. 应用及保存

1. 点击Apps，加载MCODE插件，会弹出相应的窗口。
2. In Whole Network选项表示对当前整个网络进行分析。如果想分析特定节点及其连接的网络，需要先选择该节点，再点击MCODE，此时选项会自动切换到From Selection。
3. 关于参数调整，一般情况下建议使用默认参数。如果需要自定义参数，可以参考MCODE用户手册：http://baderlab.org/Software/MCODE/UsersManual

4. 分析完成后，选择感兴趣的网络，点击上方的三个点，选择Create Cluster Network。
5. 结果展示：

• 第1列的数字表示网络得分，得分越高表示网络中的基因越关键和典型。
• 第2个框显示节点（nodes）和边（edges）的信息，这是文献结果描述的重点。

6. 最后，可以通过Export Result导出分析结果。

3. 结果分析

MCODE插件的分析结果非常详细，包含了各个网络的节点、边以及基因的信息。这些信息可以用于后续的富集分析或作为hub gene的候选。

三、总结

MCODE插件在生物信息学研究中有两种主要使用场景：

1. 利用MCODE插件求出子网络，将分数最高的网络中的全部基因作为hub gene。
2. 用Cytohubba求hub gene，MCODE插件求出的结果用于下游的富集分析。

MCODE插件在生物信息学研究中具有广泛的应用前景，特别是在疾病相关基因的识别和功能分析方面。通过MCODE插件，研究人员可以更有效地从复杂的生物网络中识别出关键的分子复合体，为后续的实验设计和功能验证提供线索。