详解conda安装与使用
详解conda安装与使用
conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理软件，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。本文将详细介绍conda的安装、配置、使用以及常见问题的解决方案，帮助读者更好地掌握这一强大的工具。
conda是为Python程序创建的，类似于Linux、MacOS、Windows，也可以打包和分发其他软件。conda分为anaconda和miniconda两个版本：
- anaconda：包含了许多常用库的集合版本
- miniconda：精简版本（只包含conda、pip、zlib、python以及它们所需的包），剩余的通过
conda install command命令自行安装
1. 安装conda
下载地址
- miniconda官网：https://conda.io/miniconda.html
- anaconda官网：https://www.anaconda.com/download
安装步骤
安装过程中，会出现Advanced options选项：
- 第一个选项是将Anaconda的路径加入环境变量
- 第二个是默认将conda安装的Python定为系统使用的默认版本
检查conda是否安装成功：
conda --version
升级conda：
conda update conda
2. 添加镜像源
为了提高下载速度，可以添加国内镜像源：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
查看已添加的channels：
conda config --get channels
恢复默认镜像源：
conda config --remove-key channels
3. 创建/删除环境
创建Python版本为X.X、名字为env_name的虚拟环境：
conda create -n env_name python=3.8
查看当前存在的环境：
conda env list
删除环境：
conda remove -n env_name --all
conda env remove -n env_name
重命名环境：
conda create -n torch --clone py3
进入和退出环境：
conda activate env_name
conda deactivate
4. 在conda环境内使用pip安装
在anaconda下用pip装包的原因：尽管在anaconda下我们可以很方便的使用conda install来安装我们需要的依赖，但是anaconda本身只提供部分包，远没有pip提供的包多，有时conda无法安装我们需要的包，我们需要用pip将其装到conda环境里。
首先进入指定的环境中，然后再通过pip安装即可：
注！安装特定版本的包，conda用“=”，pip用“==”
conda activate env_name
conda install numpy=1.93
pip install numpy==1.93
conda deactivate
5. 安装/删除命令
安装包：
conda install gatk
conda install gatk=3.7
conda install -n env_name gatk
搜索包：
conda search gatk
查看安装位置：
which gatk
查看已安装的库：
conda list
conda list -n env_name
更新指定库：
conda update gatk
conda update --all
删除环境中的某个库：
conda remove --name env_name gatk
6. 卸载conda
- 清理：
rm -rf /opt/anaconda3
删除~/.bash_profile中anaconda的环境变量
删除Anaconda的可能存在隐藏的文件：
rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum
7. 迁移conda环境
将要迁移的环境打包：
conda pack -n 虚拟环境名称 -o environment.tar.gz
如果报错：No command ‘conda pack’，尝试使用：
conda install -c conda-forge conda-pack
复制压缩文件到新的电脑环境：
# 对于ubuntu可以通过whereis conda查看conda的安装路径
# cd到conda的安装路径
mkdir environment
# 解压conda环境：
tar -xzvf environment.tar.gz -C environment
使用conda env list查看虚拟环境，进入迁移的环境内，通过pip list查看迁移前后包的安装情况。
CondaHTTPError问题
对于创建环境或者安装库的时候可能出现CondaHTTPError的问题，提供以下两种解决方案：
- 添加国内镜像源，可以参考上面【2】的添加办法，或者采用以下方法皆可：
在系统C盘用户文件夹下面，会有一个.condarc的文件，在此可以手动自行添加channels
- 可能是现有的库文件版本较低，可以尝试升级下现有的库，方法如下：
conda update --all